國立成功大學向來以工程科學著稱，人文社會科學發展緩慢。文學院先成立，包含四系（中文、外文、臺文、歷史）一所（藝術）；社會科學院遲至1997年才成立，僅三系（政治、經濟、法律）一所（教育）。從心理學角度探索人類行為的學科相對缺乏，心理學相關課程也在成大也相對稀少。

有鑑於此，在考慮到師資人力的要求，以及與學校工學院、設計學院等之合作，初期先規劃成立認知科學研究所。經過二年多的努力，終於獲得學校的同意，勻撥六名師資員額，並經報教育部獲准於民國95年8月對外招收碩士班研究生。心理學系亦在認知科學研究所協助規劃下獲教育部通過，於民國97年8月心理學系正式對外招收學士班學生。

心理學系以結合社會、人文、醫學、工程的跨學科教學，與研究為其創建與發展特色，冀望培養基礎研究、生活應用及身心靈健康等之跨領域人才。

本系之歷史沿革：
民國94年 教育部通過成立認知科學研究所
民國95年8月 社會科學院院長陳振宇教授兼任認知科學研究所第一任所長並正式招生
民國95年 認知科學研究所所長陳振宇教授及成員籌備心理學系
民國96年 教育部通過成立心理學系
民國97年8月 蕭富仁教授擔任心理學系代理系主任並正式招生
民國97年8月 蕭富仁教授擔任認知科學研究所代理所長
民國98年8月 蕭富仁教授擔任心理學系第一任系主任
民國98年8月 蕭富仁教授擔任認知科學研究所第二任所長
民國100年8月 教育部核准通過認知科學研究所與心理學系合併，組織包含心理學系學士班、認知科學碩士班
民國101年8月 蕭富仁教授續任心理學第二任系主任
民國103年9月 教育部核准通過心理學系變更組織為心理學系學士班、碩士班
民國104年8月 謝淑蘭教授擔任心理學系第三任系主任
民國106年5月 教育部通過成立「心智科學原理與應用」國際博士學位學程
民國107年8月 「心智科學原理與應用」國際博士學位學程正式招生
民國107年8月 周麗芳副教授擔任心理學系第四任系主任
民國110年8月 胡中凡副教授擔任心理學系第五任系主任
民國111年8月 「心智科學原理與應用」國際博士學位學程停招
民國111年8月 心理學系博士班正式招生

本系簽約學系：
香港教育大學心理學系(2017~迄今)